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长双歧杆菌A17胞外多糖合成基因簇的分析.pdf


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】的内容,可以使用淘豆网的站内搜索功能,选择自己适合的文档,以下文字是截取该文章内的部分文字,如需要获得完整电子版,请下载此文档到您的设备,方便您编辑和打印。:..长双歧杆菌A17胞外多糖合成基因簇的分析张文丽,王英,石莹,呼鑫荣,旭日花4(内蒙古大学生命科学学院,内蒙古呼和浩特010021)摘要:为探究长双歧杆菌A17胞外多糖(harides,EPS)生物合成途径,作者依托全基因组测序,利用eggNOG—mapper、KEGG、GO数据注释和局部序列比对等方法对EPS合成相关的基因进行注释与同源性分析。根据同源性分析得到一个长度约为20kb由19个基因组成的A17eps基因簇,预测到EPS前体糖核苷酸合成途径,同时发现该途径中的关键基因pgrn并进行了异源表达。、乳糖形成UDP—Gal、UDP—G1c两种前体糖核苷酸。其中,pgm编码1—,6葡萄糖磷酸变位酶,该酶的产量和活性与EPS合成有关。关键词:双歧杆菌;胞外多糖;基因簇:异源表达中图分类号::1673—1689(2023)10—0009—07DOI:,WANGYing,SHIYing,HUXinrong,XURihua+(SchoolofLifeSciences,InnerMongoliaUniversity,Huhhot010021,China)Abstract:harides(EPS)inBifidobacteriumlongumA17,theauthorsreliedonthewhole—genomesequencing,andEPSsynthesis—relatedgeneswereannotatedandsubjectedtohomologyanalysisusingeggNOG—mapper,KEGG,GOdataannotation,,,,BifidobacteriumlongumA17utilizeslyconucleotides,UDP-,pgmencodes1—}:Bifidobacterium,harides,genecluster,heterologousexpression收稿日期:2022—03—29修回日期:2022—04—21基金项目:国家自然科学基金项目(31860433);内蒙古A治区自然科学基金项目(2018MS03026)。8通信作者:旭日花(1981~),女,博士,副教授,硕士研究生导师,主要从事益生菌及其活性代谢产物理论与应用研究。E—mail:******@-5生物技术学报2023年第42卷第10期■国■万方数据:..ZHANGWenli,etal:AnalysisofSyntheticGeneClusterofBifidobacteriumharides双歧杆菌(Bifidobacterium)是一种高G+C含量pIL253中。导致EPS生产水平几乎增加了4倍[151。的厌氧革兰氏阳性杆状菌。属放线菌门[”,1899年由然而,eps基因簇并不是影响EPS生物合成的唯一Tissier首次从婴儿粪便中分离得到[2】。作为人出生后决定性因素。Welman等人研究表明6一磷酸葡萄糖肠道内最早的细菌定植者之一[3】.其数量和组成随似乎是连接EPS合成代谢途径和糖酵解分解代谢时问和年龄而变化阳】。根据不同年龄段人肠道内存途径的中问关键体旧。这些结果表明EPS生物合成在的菌种不同可将双歧杆菌分为:婴儿双歧杆菌机制在不同的菌株中是不同的、复杂的。(Bifidobacteriuminfantis)、青春双歧杆菌(,双歧杆菌EPSadolescentis)、长双歧杆菌()等[63。双歧杆菌合成相关基因及其生物工程改造方面的研究报道作为一种益生菌。被认为主要通过提供营养和非营较少。因此,作者阐明EPS前体糖核苷酸合成途径养的化合物来促进宿主新陈代谢进而维护宿主的并寻找与EPS合成相关的基因簇,在此基础上将健康同。同时双歧杆菌的其他积极作用表现在缓解EPS合成相关的基因进行异源表达,为进一步探索肠道疾病方面,例如肠易激综合征(IBS)和炎症性EPS合成途径提供理论基础。肠病(IBD)等[8-9]。双歧杆菌EPS是双歧杆菌在生长代谢过程中分泌的一类长链聚合物,根据其相对于菌体的位置分为荚膜多糖和黏液多糖。、抗氧化、抗肿瘤、免疫调节等多种生物活性,长双歧杆菌A17:分离自健康婴儿粪便,保存于因此。能够产生EPS的双歧杆菌在相关益生菌研究内蒙古大学生命科学学院;pET一28a质粒:北纳生物中具有重要的应用价值和广阔的应用前景。颂司产品;大肠杆菌感受态细胞DH50[:TransGen胞外多糖(harides,EPS)是一种存在Biotech产品;MRS培养基:北京陆桥公司产品;溶于大多数细菌中的碳水化合聚合物,它们可以松散菌酶:天根生化公司产品:细菌基因组DNA提取试附着在细菌细胞表面或释放到周围的细胞环境。既剂盒:天根生化公司产品:QuickDNAPurification作为细菌保护性表层,也与周围环境发生相互作KitDNA产物纯化试剂盒、PlasmidMiniKit质粒小用[10]。多年来,对细菌胞外多糖研究的热度一直有增提试剂盒、GelExtractionKit胶回收试剂盒:CWBIO无减,不仅仅因为它们对生物膜形成的贡献,更重公司产品:T4DNALigase:TaKaRa公司产品。[11]。近几年由于发现EPS能够调节与周围环境的超净工作台:南京MDS公司产品:LRH一250型交流以及它们对宿主健康维护的贡献及其在食品、生化培养箱:上海一恒科学仪器公司产品;YU一1810化妆品和医药方面的潜在应用使得对EPS的研究型紫外可见分光光度计:北京普析通用仪器公司产受到更大的关注…]。品;琼脂糖凝胶电泳仪:BIO—RAD公司产品:PCREPS合成分为糖核苷酸合成和eps基因簇合成扩增仪:德国Jena分析仪器公司产品;核酸浓度检2个阶段。糖类经转运系统由细胞外转运到细胞内。测仪:Themro公司产品。再经一系列酶促反应生成糖核苷酸。,在p印诅、鲥E、、聚合测序平台的二代测序技术和基于PacBio测序平台以及向细胞外输出等[121。在乳酸菌菌株中指导EPS的三代测序技术对文库进行测序后,采用NCBI公usthermophilusSfi6认的原核生物编码基因预测软件GeneMarkS对所被报道,,由13个基因组成【13]。据有基因进行预测。最后使用eggNOG-mapper、KAAS报道,乳酸菌EPS生物合成过程中各前体物质和自动化注释系统、InterPro、BLASTP等软件进行生物酶,均已被证明能够影响EPS的产量[141。其中信息学分析。,存在一个12kbeps操纵子。将整1)PCR引物设计根据NCBI数据库中长双个NIZOB40eps基因簇克隆到高拷贝数载体歧杆菌pgm基因完整序列,设计引物并交由华大科万方数据:..张文丽,等:长双歧杆菌A17胞外多糖合成基因簇的分析技公司合成(见表1)。PCR(25ixL体系)反应条件:72℃延伸2min,共35个循环,72℃终延伸6min。95℃预变性3min、95℃变性30S、57oC退火30S、PCR扩增后电泳检测,并进行胶回收、纯化。表1PCR扩增所用引物及其序列Table1PrimersandtheirsequencesusedforPCRamplificationPF㈣5-CG堡堡△!ggGTGGcAGAATAGGGAGcAT一3(下划线部分为BamHI酶切位点)PRlH。G垒垒堡£卫GCTAACGCAGCGATTFCA一3(下划线部分为HindIII酶切位点)2)pET28a-pgm重组表达载体的构建用质粒His—tag亲和层析(Invitrogen@),层析产物浓缩后进提取试剂盒从大肠杆菌中提取pET一28a质粒,提取行凝胶电泳,检测目的重组蛋白质。层析产物进一的质粒和克隆后测序正确的pgm基因分别用BamHI步用AKTAPurifier分子筛去除其他的杂蛋白质,收和HindIII酶双酶切,酶切后的混合物用Quick集特定峰所对应的样品,SDS—PAGE凝胶电泳检测DNAPurificationKitDNA产物纯化试剂盒纯化,16验证是否获得了高纯度目的重组蛋白质。以牛血清℃连接14h。连接体系(10¨L):1斗L10xT4连接白蛋白(Albuminfrombovineserum,BSA)作为标准缓冲液,1¨LT4DNA连接酶,1¨L双酶切后的品,用Bradford法测定目的蛋白质质量浓度。pET28a载体,3¨L双酶切后的pgm基因,4肛LddH20。3)重组质粒pET28a-¨LDH5a与重组质粒混合,冰上放置30min,42以已报道的双歧杆菌EPS基因簇为基础,利用℃水浴热击90S,迅速置于冰上冷却5rain,加入1不同双歧杆菌此类簇边界处的保守区域进行分析mLLB液体培养基(不含Kan)中,37℃培养1h完后,发现双歧杆菌A17存在一个由19个基因(chr一成转化。转化完成的菌液涂布于LB固体平板上(含354到chr一413)组成的,长度约为20kb的簇,命名Kan),37℃培养18h筛选阳性重组子。随机挑取4为A17eps基因簇。EPS基因簇结果如图1所示。个阳性重组子单菌落进行菌落PCR。¨L质量分数10%的TritonX一100细胞据图2分析得知,乳糖可被lacZ和LCT编码的裂解液中,置于沸水浴3rain,使细胞裂解,以裂解乳糖酶水解为D一半乳糖和“一D一葡萄糖,再经半乳液为模板,进行PCR并电泳检测。挑取电泳条带正糖激酶(galK)、葡萄糖磷酸变位酶(pgm)以及UDP一确的菌落PCR的副板单菌落于5mLLB液体培养糖焦磷酸化酶(USP)等的作用下分别转化形成基(Kan50Ixg/mL)中,37℃摇床培养12h。用UDP一半乳糖和UDP一葡萄糖。其中,。同时对重组质粒进行双酶切和电泳检测,鉴定(galE)相互进行转化。经乳糖代谢产生的UDP葡萄pET28a-pgm重组表达载体是否构建成功。重组成糖可与新的1一磷酸半乳糖反应生成1一磷酸葡萄功的大肠杆菌在甘油管中保种,一80℃冰箱保存。糖,也可进入糖原合成通路参与糖原的合成。葡萄4)重组质粒的诱导表达抗性平板上挑取单糖经葡糖激酶(glk)转化为葡萄糖六磷酸,磷酸葡萄菌落,加入20mL含卡那抗性的LB液体培养基,过糖变位酶(pgm)使葡萄糖6一磷酸进一步形成葡萄夜摇菌,以体积分数1%的接种转接于50mL含卡糖1一磷酸,产物再经UTP一葡萄糖一1一磷酸尿苷酰那抗性的LB液体培养基,(galU)、UDP一糖焦磷酸化酶(USP)转变最后时,,16℃诱导表达12h,形成UDP一葡萄糖。因此,长双歧杆菌A17菌株利用使蛋白表达量达到最大。用5mLNTA一0平衡缓冲葡萄糖,乳糖,通过以上方式形成2种糖核苷酸液悬浮破碎菌液;10000g,20min离心;用5mL(UDP一葡萄糖、UDP一半乳糖)。为后续合成EPSA17NTA一0重悬沉淀:将上清和沉淀分别进行SDS—提供原材料,EPSA17的结构已另文发表例。PAGE凝胶电泳。-pgm重组表达载体的构建与鉴定5)目的蛋白的分离与纯化将上清液进行pgm基因的PCR扩增产物电泳结果如图3所万方数据:..hE3亡AI-tUHAHIlbL匕ZHANGWenli,etal:AnalysisofSyntheticGeneClusterofBifidobacteriumharides睾争爹毒害拳睾季拳拿拳拳妾拿妻季妻季季A17●●峰●叫^b毒b4-,◆●b●●b耷●7143%8333%000%35624_m=l0342∞_|■∞B67350%%05-A●●啼_◆门0帅50431,14■%,Zg■%::C,M。一-卜一0364037310000%∞0,0%船.∞%慧—◆-等啐■嶙02370227hande—◆嚣裟。。。。。。。_◆黑怒裟嬲◆要溜舞瑟黜”删bansferaseFamilyproteinGlyc岱ylgransferase今Pecmease_◆pfotein-lyrosmpr-∞phataseaminoacyltransferase◆mⅢeBiosynthesis◆ABCtraFtsportd"Flippase≥hypometlcalproteklpolymerBation—dm№nmhpolymerBation—dm№nmh●TyosmeIona∞◆乳糖●黼却㈣OOCDC>C)000000000∞(渗透酶)(渗透酶1OOOOOOOOOOOOOOOOE1E5E6眦似似D一●H—D一●●一6PE2E6E7飙㈨“一D●a—D-6p-●●一伊◆黼E3E8E7●葡萄糖“D—lP一-“一D一1P一●。rn“rn“●半乳糖-十nW目ElE4渺一一E10geUDP一■UDP.●E1:卢一半乳糖苷酶;E2:醛糖1一差向异构酶;E3:半乳糖激酶;印E4:UDP一糖焦磷酸化酶;E5:乳糖酶一根皮苷水解酶;E6:葡萄糖激酶;E7:葡萄糖磷酸变位酶:E8:UDP一葡萄糖一己糖一㈣1一磷酸尿苷酰转移酶;E9:U7rP一葡萄糖一1一磷酸尿苷酰转移酶;EIO:UDP一葡萄糖一4一差向异构酶。㈣瑚㈣瑚㈣示。菌落PCR的扩增结果如图4所示。图4西落PCR的扩增电冰图电泳结果显示,(1677bp)长度吻合。菌落PCR结果度为5369bp,但是电泳图中的克隆片段为4000~表明该载体成功转化到大肠杆菌中。pET28a-pgm7000bp,这是由于在4000~7000bp区域中质粒重组表达载体构建及双酶切电泳结果如图5所示。超螺旋形式的比例最大,与线状DNA和开环DNA在图5中,1号泳道为空pET一28a质粒载体,长相比,超螺旋DNA电泳速度最快,因此4000~5000万方数据:..张文丽,等:长双歧杆菌A17胞外多糖合成基因簇的分析2000l000750500250100M1:lkbDNALadder;1:pET28a质粒;2:空pET28a质粒酶切产物;3、4:pET28a-pgm重组表达载体;M2:DL2000Maker;5、6pET28a-pgm重组表达载体酶切产物:7、8:pET28a-pgm重组表达载体PCR产物;9、10:pgm基因PCR扩增产物。图5pET28a--binantexpressionvectorconstructionandrelatedproductsbp出现最亮的条带。2号泳道为空载体双酶切产物,~6000bp出现最亮的条带。3、4号泳道的扩增片段000长度大约7000bp左右,与pET28a-pgm重组表达}7O50载体序列长度的6974bp吻合。5、6号泳道为4OpET28a-pgm重组表达载体的双酶切产物,电泳图3O中pgm基因浓度太低,条带不明显。7、8号泳道为2O—1弘弘脏脏弘脏弘弘弘OpET28a-pgm重组表达载体的PCR产物,扩增片段1:亲和层析目的蛋白质;2:亲和层析杂蛋白质;M:Marker。大小在1700bp左右,符合pgm基因长度。9、10号图7亲和层析纯化结果泳逍作为阳性对照(A17中pgm基因的PCR扩增产:物)。—p聊重组表达载体的测序结果目的蛋白质的相对分子质量约为60000左右,BLASTx比对分析,,证明重组表60000左右没有蛋白质,IPTG诱导的上清液和沉淀达载体中的pgm基因就是EPS合成过程中编码葡中60000处有条带,说明重组大肠杆菌成功表达了萄糖磷酸变位酶的关键基因。目的蛋白质,,说明蛋白质主要在上清液里。活化重组成功的大肠杆菌,用IFFG诱导其表对含目的蛋白质的上清液进行His—tag亲和层达目的蛋白质。诱导后离心菌液,对上清液和沉淀析,纯化蛋白质,层析产物浓缩电泳,1号泳道中出分别进行SDS—PAGE电泳,结果如图6所示。诱导现目的条带,2号泳道是层析中出现的杂蛋白质。利产物用His—tag亲和层析纯化,结果如图7所示。用AKTPurifler分子筛去除杂蛋白质,×105(95%)的目的蛋白质。13×××10455×104采用最为常见的Bradford法进行测定,××104品均3次重复。将BSA作为标准品,该法所测定的25×~15¨∥mL范围内保持线5×104性关系。测定目的蛋白质浓度的标准曲线为:y=1:未经诱导上清液;2:IPTG诱导上清;3:IPTG诱导沉淀;MMarker。.———.;.::+,浓缩后蛋白质测定的OD值为:y=(平均值),。-inducedproteinexpression蛋白质是经过稀释100倍后测定的,故计算得重组万方数据:..ZHANGWenli,etal:,目的蛋白输出[201。乳酸菌的EPS生物合成由eps基因簇调控,质表达量较高,可实现量产。决定EPS重复单元的合成、聚合、输出等过程。在本研究中经过一系列生物信息学分析发现。EPS的生物合成与一个关键的基因相关,在乳酸菌当中通过过因为双歧杆菌在肠道中可以抑制有害细菌,改表达该基因使胞外多糖的产量有较大幅度的提升。善胃肠道屏障功能【21].长期以来一直被用作益生菌双歧杆菌eps基因簇没有像LAB‘‘保守”eps基因簇来改变肠道菌群组成以缓解各种疾病。【11].本研究中表明。双歧杆菌可改变树突状细胞的功能,以调节在与其它双歧杆菌eps基因簇进行比较时也发现这肠道对无害抗原和细菌的免疫稳态,或启动针对病一点,说明单一研究某一种双歧杆菌来推断其它双原体的机体保护措施[22-251。据报道,很多双歧杆菌会歧杆菌的eps基因簇是不可取的,。结合作者所在实验室前期长双及对宿主健康的维护。受到了科学界相当大的关注【2q。。中发挥有益的作用圈。然而,值得注意的是,由于双在乳酸菌及其亚种当中,提高胞外多糖产量的歧杆菌EPS的产率低,这些聚合物作为市售益生元途径可通过优化发酵条件,例如改变培养温度、优添加剂的用途非常有限[261。可通过优化发酵条件例化发酵时间、碳源等来实现。为了提高双歧杆菌胞如优化发酵时问、pH、培养温度、碳氮源等或者通过外多糖产量低的问题,通过选取pET28a重组表达基因工程技术等来提高胞外多糖产量。在进行基因质粒实现了葡萄糖磷酸变位酶的大量表达,为从分工程改造菌株时可通过超量表达EPS合成途径中子手段调控双歧杆菌EPS的产量提供了新的途径。的基因例如磷酸葡萄糖变位酶(pgm)、UDP一葡萄糖将以往解决胞外多糖产量问题从传统的优化培养焦磷酸化酶(耐U)等来提高EPS产量,以期解决双条件上升到选取拷贝数与表达效果兼优的质粒。大歧杆菌作为一种益生菌但其胞外多糖产量低下的大缩短了实验时问,更快更高效解决胞外多糖产量问题【砌]。低下的问题,对后续开展针对双歧杆菌及其EPS功EPS的合成是一个很复杂的过程,包括糖进入能研究以及进一步阐明双歧杆菌EPS生物合成具细胞质、前体糖核苷酸的形成以及胞外多糖合成与有重要意义。参考文献[1]YENCH,KUOYW,TSENGYH,-haridessupplementationonfecalbifidobacteriaandindexofperoxidationstatusinconstipatednursing-homeresidents:aplacebo-controlled,diet-controlledtrial[J].Nutrition,2011,27(3):323—328.[2]YP,NORRISRF,[J].ArchivesofBiochemistryandBiophysics,1954,48(1):193—201.[3]FANAROS,CHIERICIR,GUERRINIP,[J].ActaPaediatrica,2003,91(441):48—55.[4]ZWIELEHNERJ,LISZTK,HANDSCHURM,binedPCR—DGGEfingerprintingandquantitative-PCRindicatesshiftsinfecalpopulationsizesanddiversityofBacteroidesbifidobacteriaandClostridiumclusterIVininstitutionalizedelderly[J].ExperimentalGerontology,2009,44(6/7):440—446.[5]BIAGIE,NYLUNDL,CANDELAM,,andbeyond:gutmicrobiotaandinflammatorystatusinseniorsandcentenarians[J].PLoSOne,2010,5(5):e10667.[6]江建平,刘洋,张亮,[J]食品工业,2015,36(10):201—,L1UY,ZHANGL,[J].TheFoodIndustry,2015,36(10):20l一206.(inChinese)[7]NICHOLSONJK,HOLMESE,,mammalianmetabolismandpersonalizedhealthcare[J].NatureReviewsMicrobiology,2005,3(5):431-438.[8]:rationale,putativemechanisms,andevidenceofclinicalefficacy[J].万方数据:..张文丽,等:长双歧杆菌A17胞外多糖合成基因簇的分析JournalofClinicalGastroenterology,2006,40(3):264—269.[9]TANABES,KINUTAY,-17productioninmurinesplenocytesanddextransodiumsulfate-inducedintestinalinflammation[J]InternationalJournalofMolecularMedicine,2008,22(21:181—185.[10]CASTRO—BRAVON,WELLSJM,MARGOu正SA,[J].FrontiersinMicrobiology,2018,9:2426.[11]HIDALGO—CANTABRANAC,SANCHEZB,MILANIC,[J].AppliedandEnvironmentalMicrobiology,2014,80(1):9-18.[12]李敏,李伟程,刘亚华,[J].中国食品学报,2021,21(4):256—,UWC,L1UYH,[J].JournalofChineseInstituteofFoodScienceandTechnology,2021,21(4):256—266.(inChinese)[13]STINGELEF,NEESE

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