持续性纤维素酶产物释放过程的分子动力学模拟的中期报告.docx

该【持续性纤维素酶产物释放过程的分子动力学模拟的中期报告 】是由【niuwk】上传分享，文档一共【2】页，该文档可以免费在线阅读，需要了解更多关于【持续性纤维素酶产物释放过程的分子动力学模拟的中期报告 】的内容，可以使用淘豆网的站内搜索功能，选择自己适合的文档，以下文字是截取该文章内的部分文字，如需要获得完整电子版，请下载此文档到您的设备，方便您编辑和打印。持续性纤维素酶产物释放过程的分子动力学模拟的中期报告本项目旨在使用分子动力学模拟方法研究持续性纤维素酶(continuouscellulase)产物释放过程的分子机制。目前已完成模拟体系的构建和模拟参数的优化,并进行了初步的模拟分析。。纤维素链由4个葡萄糖单元组成,共计6个纤维素链排列成一束,。纤维素酶则采用了PDB数据库中已有的结构(PDBID:5CEX),包含一个家族9纤维素酶分子。,我们对模拟参数进行了优化。具体参数如下:力场:采用AMBER14程序包中的ff14SB力场;溶剂模型:采用TIP3P模型;盒子大小:48x47x46?,容纳了纤维素链、纤维素酶和水分子;温度和压力:模拟体系在恒定温度(300K)和压力(1atm)下进行模拟;插件:插件LOOS(LibraryOfOpenSource)与AMBER14程序包结合进行分析和可视化。。接着将模拟时间延长至50ns,记录了纤维素链的输运和纤维素酶的产物释放情况。模拟结果表明,纤维素链在模拟时间内发生了多次扭曲和打翻,同时纤维素酶在纤维素链上移动了一段距离并释放了产物(2,4-二***戊烷)。进一步的模拟分析将在后续工作中完成。总结:我们已经完成了持续性纤维素酶产物释放过程的分子动力学模拟的中期报告。通过初步的模拟分析,我们发现纤维素链的输运和纤维素酶的产物释放受多种因素的影响,在后续的模拟分析中将深入研究。