16S rDNA序列在大批量细菌分离物分子鉴定中的应用研究.pdf

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,分属于鲋郑鍪簦颊鱿敢鸱掷胛锏%;其余晗敢鸱掷胛可鉴定到属一级,⑾郑屯裂挎吒艘鹗等少数茵属中的部分种间鉴定的敏感性不高。上述结果表明序列在大多数细茵种属鉴定中具有较高的特异性和敏感性,可以作为第一轮分子标识用序列;分子标识广义的细菌即原核生物,是指一大类基因组藓四ぐ淮嬖诤饲蚰夂说脑嫉ハ赴生物。世纪年代之前,细菌的分类和鉴定主要依靠形态学特征、生理生化特征和免疫学反应进行。随着分子生物学的飞速发展,特别是聚合酶链式反应际醯姆⒚鳎妇姆掷嗉ǚ⑸重大革新,开始进入分子水平,一批分子鉴定方法也随之产生。其中,蛄型葱苑治鲆丫晌N生物种属鉴定的常用方法,在微生物分类研究中起着重要的作用¨引。细菌的左右,由保守区和可变区组成,保守区为所有细菌所共有,不同种属的细菌问没有差别;可变区在不同细菌之间存在不同程度的差异,具有属或种的特异性。根据序列同源性分析建立细菌系统发育分类的重要性已经被越来越多的微生物分类学者所认识和接受¨序列已广泛用于细菌的分类鉴定,但对其在大批量细菌分离物分子鉴定中的适用性和局限性的系统研究还很少见。本研究使用序列同源性分析法对保藏于江南大学中国高校工业微生物资源与信息中心的晗妇掷物进行鉴定,以考察序列在大批量细菌种属水平鉴定中的适用性。材料与仪器通用引物委托上海生工公司合成,引物序列为:嫌危’掠危’,疓’酆厦浮鹤訫公司;产物纯化试剂盒为德国公司产品;.约梁形C拦鶤司产品;其它试剂为国产或进口分析纯。凝胶成像系统拦鶤公司籔基因扩增仪拦鶰;恒温金属浴贾莶┤湛萍加邢薰;基因测序仪拦鶤公司晗妇掷胛镂1狙芯恐行那捌诖油裂以及多种中国传统发酵食品中分离纯化获得,以冻痡..—.。.摘要:利用于大批量细茵分离物的鉴定。关键词:细茵分离物;鉴定;序列长约虽然公菌种一,.江南大学工业生物技术教育部重点实验室,江苏无锡;掳嗬砉ご笱锕こ逃胧称芳际跸担戏堑掳第卷第年月基金项目台资助。作者简介:陈源源,男,博士研究生。研究方向:工业微生物资源。·通讯作者:王正祥教授,博士生导师。:甧.。.
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峁胩致工业微生物干管形式保藏于江南大学中国高校工业微生物资源与信息中心海痗甹甧./〔照文献小┰≡癫庑蚪峁锌尚度较高的区域,≥%,并与匹配度第二高的种的序列表现出%以上的序列差异时,认为其可以鉴定到种一级;当所提交序列与数据库中最匹配序列的同源性在%~%,或与同属内不同种之间序列的同源性均≥%时,认为其可鉴定至属一级;当所提交序列与数据库中最匹配序列的同源性≤%,或与不同属的多个种之间序列的同源性相同时,认为该菌株无法进行有效鉴定。系统发育树的绘制序列使用砑比对,再使用软件构建系统发育树,⒂治觯⒔。琼脂糖凝胶电泳