高性能集群快速使用手册.doc

登陆用户在windows或Linux下,使用客户端,通过ssh协议来链接。文本界面登陆软件:SSHSecureShellClientputty以sshclient为例输入服务器IP地址,用户名,密码。即可登陆服务器终端进行命令操作。文件传输软件:SSHSecureFileTransferClientwinscp以SSHSecureFileTransferClient为例图形软件运行界面软件:xmanager————》xstart或xshell以Xshell为例,启动Xshell输入sshIP地址输入用户名,密码即可登陆在xshell下可以启动图形界面软件#gedit即可看到图形界面编辑器并行和串行程序串行程序编译:gcc–:1)#PATH/myprogram即使是当前路径:需要输入./myprogram2)#myprogrammyprogram所在的路径在PATH环境变量#echo$PATH/home/users/mashj/mpi/mpich-127-gcc-ssh/bin:/home/users/piler/pgi714/linux86-64/:/usr/lib64/qt-:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/opt/pathscale/bin需要把myprogram拷贝到这些路径中,或添加这些myprogram所在路径到环境变量中#exportPATH=my_path:$PATH执行后可以把这句话添加到~/.bash_profile中每次shell启动自动添加。(详情参阅shell编程)并行程序编译:–:mpirun–np8my_mpi_program各种mpi运行方法有些不同mpich特点:最基本的mpi,运行最简单,,用的最广泛,但是效率不高。使用rsh或ssh;安装路径;通信方式;都是在编译的时候确定,编译成功后不能更改。使用:设置环境变量,确认用mpichexportPATH=/data/software/mpi/mpich/bin:$PATH编译程序:#–:#mpirun-np16-machinefilemayourprogram-np16起16个进程-machinefilema文件写出在哪些节点上执行该命令,格式如下#vimmanode1:8node2:8:,功能强大,灵活,支持infiniband,效率高使用rsh或ssh可以自由切换,路径可以自己标志,编译器也可以改,一个版本支持多种通讯方式使用:设置环境变量,确认用openmpi#exportPATH=/data/software/mpi/openmpi/bin:$PATH#exportLD_LIBRARY_PATH=/data/software/mpi/openmpi/lib:$LD_LIBRARY_PATH因为默认的openmpi编译出来的库为动态库,所有要设置LD_LIBRARY_PATH变量,如果想要不设,在编译openmpi时加上--disable-shared--enable-stat