小反刍兽疫病毒F基因生物信息学分析.docx

小反刍兽疫病毒F基因生物信息学分析.docx小反刍兽疫病毒F基因生物信息学分析邱文英,李刚*(屮国农业科学院北京畜牧善医研究所,北京,100193)摘要:利用生物信息学软件对小反刍兽疫病毒的F基因进行分析。F基因在麻疹病毒属中是高度保守,可以根据F基因序列的遗传性将PPRV分为4个系。关键词:小反刍兽疫病毒(PPRV);F基因;进化树;小反刍兽疫(pestedespetitesruminants,PPR)是由小反刍兽疫病毒(pestedespetitesruminantsvirus,PPRV)引起的小反刍动物的一种急性接触性传染性疾病。OIE将该病定为必须上报疾病°该病的临床表现与牛瘟病毒类似,故也称为伪牛瘟(pseudorinderpest),其特征是发病急剧、高热稽留、眼鼻分泌物增加、口腔糜烂、腹泻和肺炎。本病毒主要感染绵羊和山羊⑴。小反刍兽疫病毒为副黏病毒科(Paramyxoviridae)麻疹病毒属(Morbillivirus)的成员,该病毒与麻疹病毒、犬瘟热病毒、牛瘟病毒等有相似的理化及免疫学特性。小反刍曾疫于1942年在科特迪瓦首次发生。我国周边国家包括孟加拉国、印度、尼泊尔、巴基斯坦、哈萨克斯坦和蒙古等国家先后暴发了大规模PPR疫情,2007年7月我国西藏发生不明山羊疫情,最厉确诊为PPR⑵。小反刍兽疫病毒粒子呈多形性,多为圆形或椭圆形。直径约为130〜〜700nm之间。-。囊膜上有8-15nin长的纤突。病毒的纤突屮只有血凝索(H)蛋白,而没有神经氨酸酶(N);病毒的核衣売总长度约为lOOOnm,,螺距在5〜6nm,核衣売缠绕成团⑶。PPRV基因组是不分节段的单股负链RNA,RNA链从3’至亍依次是N-P-M-F-H-L6个基因,相应的这6个基因编码6种结构贺片依次为核衣売蛋白(N),磷拔片(P),膜蛋白(M)融合蛋A(F),血凝素蛋白(H)和人蛋片(L),另外,P基因还编码两种非结构蛋白C和V”。PPRV的F基因长232lbp,其ORF编码546个氨基酸,。F蛋白是组成病毒囊膜表面的一种纤突,是决定病毒感染能否成功的关键因索。F基因包含4个ATG密码子,当F基因以第1个ATG密码子和第4个ATG密码子能作为启动子来翻译FmRNA时,将分别产生长度为556个和546个氨基酸的蛋白。尽管第1个和第4个ATG密码子在相同的阅读框中,但第4个ATG密码子(ATCATGA)比第1个更适合。F基因在在麻疹病焉属屮高度保守,把PPRVF蛋白的氨基酸序列与麻疹病毒属的其他成员相比,%〜%。F蛋白有两个保守区,第1个区是在蛋白的N末端,是一个19个aa的序列,可能是多肽信号序列,对蛋白质穿过粗面内质网并发生易位是必要的,也可能是被肽酶劈开并释放成熟蛋片的位点。第2个区是在F蛋白的C末端,为32个aa序列长(485〜517aa),并且包括了疏水的锚定膜区(485〜502aa)。对PPRVNigeria75/1毒株的F基因进行生物信息学分析,使用PSORT在线软件对F蛋白的亚细胞定位进行分析,结果如卜:(Affirmative)0.