差异表达基因分析5趋势性上调和下调基因分析6基因集功.ppt

1转录组·(transcriptome)是指特定生物体在某种状态或某一生理条件下,细胞内所有基因转录产物的总和,包括信使RNA核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA;狭义上指所有mRNA的集合。从RNA层次研究基因表达的情况,即为转录组学(transcriptomIcs),是研究细胞表型和功能的一个重要手段。,转录水平的调控是最重要也是目前研究最广泛的生物体调控方式。转录组的研究比基因组的研究能给出更高效的有用信息与基因组不同,转录组更有时间空间性。除了异常的mRNA降解现象(如转录衰减)以外,转录组反映的是特定条件下活跃表达的基因转录组的研究可以提供什么条件下什么基因表达什么信息,从而推断相应未知基因的功能,揭示特定调节基因的作用机制对转录本的定量可以了解特定基因的活性和表达量,用于疾病的诊断和治疗通过对转录组的研究,也让个性化医疗的目标,从共性转移到个性,:1)基于杂交技术的微阵列技术;>2)基于Sanger测序法的SAGE(serialanalysisofgeneexpression)和MPSS(multipleparallelsignaturesequencing);3)基于新一代高通量测序技术的转录组测序。几种转录组研究所用技术的比较转录组所用技术MicroarraySAGE和MPSSRNA-seq原理寡核苷酸杂交Sanger测序高通量测序信号荧光信号数字化信号数字化信号分辨率数个-上百个单碱基单碱基分辨率背景成本高高高低低高多高低相少对较低起始RNA用量多DNA芯片技术:只适用于检测已知序列,却无法捕获新的mRNA。杂交技术灵敏度有限,对于低丰度的mRNA,微阵列技术难以检测,也无法捕获到目的基因mRNA表达水平的微小变化SAGE(基因表达系列分析)可以全面了解特定组织或细胞类型中基因群体表达状态,它的显著特点是能够大量获取基因组范围基因表达的类别与丰度,该技术成功地应用于特异组织或细胞的转录组研究和mRNA群体间差异表达基因鉴定缺点是需要大量的mRNAMPSS(多重性平行定序)≯对于功能基因组研究非常有效,能在短时间内捕获细胞或组织内全部基因的表达特征;(1)RNA聚合酶I和Ⅲ负责种类稀少、功能重要的看家非编码RNA基因的转录,包括rRNA,tRNA,SnoRNA,SORNA等。由这两类RNA聚合酶转录的非编码RNA属于看家RNA,在各种生理和病理状态下都被高水平转录,转录产物占细胞内RNA总量的95%以上,不是生命科学研究前沿领域的主要关注对象