生物信息学 生物信息数据库及其信息检索.ppt

生物信息数据库及其信息检索
生物科学与技术学院
本章主要内容
生物信息学数据库类型
序列数据库
结构数据库
功能数据库
其它专业数据库
生物信息学数据库的检索
检索方法概述
检索实践和案例
生物信息学数据库的地位和作用
匚经典生物医学实了[大规模组学实验
大量雩碎数据
海量组学数据
数据收集盛理
数据存储、注释
数据库
检索查询
理论分析
生物学研究
生物医学应用
生物信息学数据库类型
核酸研究( Nucleic Acids research)杂志的每年第一期为生物信息学数据
库专刊,收录最主要的生物学相关数据库,归类并展示在
/
2014 NAR Database Summary Paper Category List
Nucleotide sequence database
核酸序列数据库
RNA sequence databases
RNA序列数据库
Protein sequence database
蛋白质序列数据库
Structure databases
结构数据库
Genomics Databases (non-vertebrate
基因组数据库(非脊椎动物)
Metabolic and Signaling Pathw ays
代谢与信号通路数据
Human and other vertebrate Genomes
人类与其他脊椎动物基因组
Human Genes and Diseases
人类基因与疾病
Microarray Data and other Gene Expression Databases微阵列数据库与其他基因表达数据库
蛋白质组资源
other Molecular Biology Databases
其他分子生物学数据库
Organelle databases
细胞器数据库
植物数据库
Immunological databases
免疫学数据库
Cell biology
细胞生物学数据库
beginonLibyatarget
生物信息学数
据库类型
序列数据库
■结构数据库
■功能数据库
其它专业数据库
Google vs Baidu
他可以更厉害!甚至超过 windows、 Linux或
Googl
Mac等操作系统
谷歌
专业按索
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业信息、骄问和交互式图
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肤浅的百姓工具
、序列数据库
主要收录核酸和蛋白质序列的数据库,包括由基因组计划产生的基因组及其表达
序列,由基因组序列所推测的编码和非编码核酸和蛋白质序列,以及个别生物学
实验中测序获得的核酸和蛋白质序列。
■基因组序列数据库
Genome Database(GDB数据库
()
包括人、鼠、斑马鱼和果蝇4种真核生物基因组的注释分析。由EMBL-EB和
Sanger研究所联合开发。
UCSC Genome Browser
(http:/)
加州大学圣克鲁兹分校建立包括各种脊椎和无脊椎动物,以及主要模式生物的基
因组数据。
■核酸序列数据库
Genbank(
EmbL()
Ddbj(/)
三个数据库每天互相交换数据
Gen Bank可通过NcB的检索系统 Entrez获取, Entrez集成来自主要DNA和蛋
白序列数据库的数据,包括物种、基因组、定位、蛋白结构和结构域等信息
其他各种专业核酸数据库
A非冗余参考序列数据库Refs
B密码子使用数据库 Codon Usage Database CUTG
c基因可变剪接数据库ASDB
D转录因子数据库 TRANSFAC
NCBI(National Center of Biotechnology Information)
美国国立生物技术信息中
三大数据库之间的联系
Entrez
NCBI
Submission
GenBank
EMBL
DDBJ
CIB
EB
NIG
SRS
geten
EMBL