dnaman使用方法.ppt

DNAMAN 使用方法
1．将待分析序列装入Channel
2．以不同形式显示序列
3．DNA序列的限制性酶切位点分析
4．DNA序列比对分析
5．序列同源性分析
6. PCR引物设计
7．质粒模式图绘制
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DNAMAN 使用方法
DNAMAN是一种常用的核酸序列分析软件。由于它功能强大，使用方便，已成为普遍使用的DNA序列分析工具。以DNAMAN Demo version为例，简单介绍其使用方法。打开DNAMAN，可以看到如下界面：
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第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外，有九个常用主菜单，
第二栏为工具栏：
第三栏为浏览器栏：
在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel工具条，DNAMAN提供20个Channel，点击Channel工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。每个Channel可以装入一个序列。将要分析的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入Channel中可以节约存取序列时间，加快分析速度。此版本DNAMAN提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的Channel中。
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以具体使用DNAMAN的过程为例来说明如何使用DNAMAN分析序列。
1．将待分析序列装入Channel
（１）通过File/Open命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。
（２）通过Sequence/Load Sequence菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel。通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA 或蛋白质），名称，和要分析的片段等参数。
2． 以不同形式显示序列
通过Sequence//Display Sequence命令打开对话框，如图所示：
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根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。对话框选项说明如下：
Sequence & Composition： 显示序列和成分
Reverse Complement Sequence ：显示待分析序列的反向互补序列
Reverse Sequence ：显示待分析序列的反向序列
Complement Sequence ：显示待分析序列的互补序列
Double Stranded Sequence ：显示待分析序列的双链序列
RNA Sequence ：显示待分析序列的对应RNA序列
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3．DNA序列的限制性酶切位点分析
将待分析的序列装入Channel，点击要分析的Channel，然后通过Restriction/Analysis命令打开对话框，如下所示：
按扭，出现下列对话框：
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参数说明如下：
Results 分析结果显示
其中包括：
Show summary：显示概要， Show sites on sequence：在结果中显示酶切位点
Draw restriction map：显示限制性酶切图，Draw restriction pattern：显示限制性酶切模式图
Ignore enzymes with more than：忽略大于某设定值的酶切位点
Ignore enzymes with less than：忽略小于某设定值的酶切位点
Target DNA ：目标DNA特性
Circular：环型DNA，dam/dcm methylation：dam/dcm***化
all DNA in Sequence Channel（选择此项，在Sequence Channel 中的所有序列将被分析，如果选择了Draw restriction pattern，那么当所有的channel中共有两条DNA时，则只能选择两个酶分析，如果共有三个以上DNA时，则只能用一个酶分析。
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选择所需的项目，然后按提示操作点击 按扭，出现下列对话框：
Enzyme ：代表enzyme data file，点击旁边的下拉按钮，出现两个默认选项，，如果添加过自制的酶列表，则附加显示自制酶列表文件名。，。选择其中一个数据文件，相应的酶在左边的显示框中列出（按酶名称字母表顺序），鼠标双击酶名称，则对应的酶被选中，在右边空白框中列出。要自制酶切列表，可以从左边酶列表中双击鼠标选择多种酶（例如puc18 multi