xplor使用方法.doc

XPLOR安装
-nih-VERSION-IRIX64、xplor-nih-VERSION-Linux、xplor-nih-VERSION-db。
下载地址：
需要代理，要先注册才可以下载。
，如/opt,命令如下。注意VERSION要换成实际安装的版本号
cd /opt 　　　　　　　　进入到/opt目录下
tar -xzvf xplor-nih-VERSION- 解压缩
tar –xzvf xplor-nih-VERSION- 解压缩
tar -xzvf xplor-nih-VERSION- 解压缩

cd xplor-nih-VERSION 进入安装目录
./configure 配置xplor
ln -s /opt/xplor-nih-VERSION/bin/xplor /usr/local/bin/xplor 建立快捷方式
4使用以下命令进行检测是否安装成功
bin/testDist
Xplor使用
基本操作
：在命令行中输入“xplor .inp”就会启动xplor运行文件“.inp”中的指令。输出信息默认显示于屏幕，可以使用“xplor .inp > .out”将输出信息存于当前目录下的“.out”文件中。
：一般在文件开头使用remarks，文件中用！表示注释。Remarks主要是文件本身的说明如文件建立者，存放位置等：
remarks file generate/
remarks Author: Axel T. Brunger
！则是一般性的注释，其后的内容也不会运行。
｛｝括号内的内容也不会被运行。
:
@ 或者 @@。但是在循环语句如for循环中必须用@@。
如调用蛋白质结构文件时使用：
structure ***@ end（）
其中structure @ end 是调用结构文件的语句，类似的还有：
parameter ***@TOPPAR: end 调用氨基酸参数库
coor ***@ 调用模型
注意：调用pdb文件时没有”end”,因为pdb文件结尾已含有”END”。

Write 要输出的参数 output=文件名 end
例:
write coordinates output= end
将