NTSYSpc使用方法.doc

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NTSYS-PC使用说明
1、生成矩阵：在excel按如下规那么输入数据，A1=1表示有带记为1，B1=13表示扩增的总条带数， C1=7表示样本数，D1=0表示无带记为0。第二行表示的是样本名称。从第三行开始的A列表示引物名称。见下列图：
输入完毕后，将文件以Microsoft工作薄的格式存盘。
2、生成系统树：
翻开NTSYS-PC程序，点击similarity出现如下界面：
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再点击Qualitative data，出现下面的界面：
点击input file，翻开生成的excel文件，点击out file起一个文件名〔假设叫A〕，然后点击compute按钮。继续点击clustering，出现下面的界面，
再点SHAN，出现如下界面：
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点击input file，翻开文件刚刚保存的文件111，点击out file起一个文件名〔假设叫222〕，把In case of ties改为Find，然后点击compute按钮。计算完成！
点击input file，翻开文件A，点击out file起一个文件名〔假设叫B〕，然后点击compute按钮。然后点Graphics
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再点tree plot，出现下面的界面：
点击input file，翻开文件B，然后点击compute按钮，就会出现聚类图。
3、生成遗传相似度表：
点File中的Edit file,翻开文件A，再点compute按钮，就会得到遗传相似度表。
这个软件的功能很强大，但我也只会做聚类图和遗传相似度，如果其他朋友还会使用其它功能，请多交流。
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缺失数据可用999代替,写在列的后面,软件就可以识别了
TREE plot
Displays a tree matrix (such as produced by the SAHN module) or the NJOIN module.
The algorithm used to convert a tree matrix into a dendrogram display is given in Rohlf (1975a). A generalization of this