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RDP软件分析指南
Introduction
RDP4 (Recombination Detection Program version 4) 是一个检测和分析重组信号的软件，包括7种基本检测程序（RDP method, GENECONV, Bootscanning, MaxChi, Cimaera, 3SEQ and SiScan）和4种附加检测程序（LARD, PHYLPRO, distance plots and TOPAL）。
操作基本步骤
：左击鼠标open按钮。
点击页面顶端options按钮，进入General页面选择一系列参数：
左击主界面上的X-over按钮开始进行重组分析。
分析完毕后出现四个界面，顺时针方向依次为：
Sequence display
The recombination information display
Schematic sequence display
Plot display
Figure 1. The main components of the RDP interface.
Command buttons 命令按钮
Tree display 进化树显示
Matrix display 矩阵显示
Recombination info. Display
重组信息显示
Sequence display 序列显示
Plot display绘图显示
Schematic sequence display
图解序列显示
Identity display 同源性显示
RDP4界面的主要组成部分
分析进度条
Position indicator位点指示
Identity display同源性显示
Sequence display序列显示
Sequence names
Toggle sequence display
Identity indicator
Toggle identity display
sequence display.
左击序列中的部位可以显示不同颜色代表的含义
鼠标悬空在某个核苷酸上会显示出该核苷酸处于何序列的具体位置
右击鼠标可以保存不同形式你想要的序列
Warnings and additional
method specific info.
P-Value s
Probable recombinant
(recombinant) and parental
sequences
Breakpoint positions: In
sequence (in alignment)
Method used to detect
recombinant region
The recombination information display
现以下情况，该界面还会出现warning标示（红色）：
（1）在比对序列中只有一个可能为父母代毒株的序列
（2）有可能(约30%或更大的可能)误认为重组序列(即实际上父母代的序列中的某个才是真正的重组毒株)如果是这样会在后面显示出实际上可能为重组毒株的父母代毒株的名字。
（3）无法识别出一个或全部两个突变位点。
（4）一个或两个突变位点是错位的。
（5）重组信号微弱
（6）如果复合信号可能是一个分析错误的人工制品。
“confirmation table”部分表明了用不同方法检测出发生该重组事件的毒株数和关于目前检测到的重组事件的符合程度
Confirmation table 下面是一个总结性的柱状图，对于99%的用户来说前三条柱状图代表的是有用的信息。柱状图下面的分数大于60%代表这该毒株几乎确定为重组毒株。大于40%小于60%的分数代表软件可能犯了错误，但也可能没有。小于40%表示该毒株很可能不是重组毒株。