ChemSketch使用方法.ppt

ChemSketch简介
ACD/ChemSketch 是高级化学发展有限公司(ACD)开发的用于化学结构式绘制软件包,该软件包可单独使用或与其他软件共同使用。该软件有商业版和免费版两种,,下载地址为:。
该软件的主要功能包括:
结构模式:用于化学结构式的绘制
绘图模式:用于图片及文字的处理
分子性质模式:用于计算分子的一些基本性质,主要包括以下几个方面:
分子量及元素百分比含量
折射率、摩尔折射率及摩尔体积
等张比容、表面张力及密度
介电常数及极化率
单一同位素质量, 标称分子量和平均分子质量
除了以上主要功能外,ChemSketch还包括3D Viewer,MR DB和HNMR DB可用于预测和查看所绘制化学结构式的碳、氢核磁谱图,并与所带相关数据库相联,进行检索比对处理。
ChemSketch内置的元素同期表可以查看元素的基本信息和核磁数据。
有机分子结构字典只有商业版本才能使用,输入分子名称(系统命名或商品名)可得到其化学结构式。
化学文件夹(ChemFolder)可方便用户建立自己的试剂与化学反应数据库。
GC和LC模拟器(GC Simulator and LC Simulator)可以模拟所绘制化学结构的气相和液相色谱。
LogD和LogP用于计算所绘制结构的醇—水(辛醇—水)分配系数,其中LogD适用于酸碱性物质,LogP适用于中性物质。
Name模块用来对所绘制的结构按IUPAC规则命名。
SolDB模块可用来计算所绘制结构在不同pH条件下的溶解度。
SpecManager用于处理各种谱图,包括核磁、质谱、紫外、红外等。
Spectrum DataBases提供了各种谱图的数据库,供检索查询之用。
XNMR提供了对含P、F、N同位素化合物的核磁预测功能。
pKa模块可对所绘制的结构进行酸碱解离常数的预测计算功能。
和其它的Windows软件一样,ChemSketch也具有页面设置、打印设置、输出模式、输入模式、页眉页脚设置等功能。
这里主要介绍如何利用该软件绘制化学结构式并对所绘制结构的基本化学性质进行预测和计算。
一、在ChemSketch中绘制化学结构式
ChemSketch安装后,第一次运行时会出现一个文件关联设置窗口,其中列出了ChemSketch支持的化学结构式文件格式如ChemDraw、MDL Molfiles、ISISDraw等。用户可根据需要选择相应的关联,以便使用ChemSketch方便地打开和编辑由其它化学结构式绘制软件所生成的结构文件。
免费版支持的格式较少,正式版则可支持更多的格式。
ChemSketch 主窗口下有两种模式的窗口界面,结构绘制窗口和画图窗口,两者的菜单和工具栏不尽相同。结构绘制窗口由标题条、菜单栏、通用工具栏、结构式工具栏、原子工具栏、基本模板工具栏、编辑工作区、调色板和状态提示条组成。
画图模式窗口与结构绘制窗口类似。
1. 简单结构式的绘制
程序运行后默认的是结构式绘制窗口,编辑工作区中的光标默认为画碳原子工具,点击编辑工作区空白处可画出CH4,再点击C原子,可生成CH3一CH3,如果在其中一个C原子上点击两次,则形成下面的结构:

下面是结构绘制窗口的主要工具栏
如果想让分子以某个键为基准改变位置,如让某一键处于垂直状态,可点击工具栏上的按钮,然后点击某一键,即可使分子旋转至该键处理垂直的位置:
按钮可使分子旋转至某一键处于水平位置, 按钮可使分子以某一键为轴反转, 按钮使分子垂直反转, 按钮则使分子水平反转。当结构中包含有长短不一的双键时,比如苯分子结构,可利用按钮改变双键的位置和类型,如是处于内侧还是处于外侧,是长短不一的双键,还是等长的双键。
利用画链工具通过拖动鼠标,可画出指定长度的碳链,拖动鼠标时,光标显示碳链中碳原子的个数。
在结构式绘制状态下,鼠标点击某个键可使其变为双键,再次点击则变为叁键,点击叁键则又变为单键。
利用工具可删除多余或错误的键。
利用高聚物标记工具可标记高聚物的重复单元。点击该工具按钮,在Index中输入重复标记,比如输入“n”,再选择一种样式,用鼠标在相应的结构式里拖拉即可。
要改变原子的类型,可从窗口左侧的原子工具栏中选择相应的原子,然后点击要替换的原子即可。如果原子工具栏中没有想要的原子,可点击原子工具栏最上端的元素周期表按钮,从打开的元素周期表中选择想要的原子。
在结构式绘制模式下,用鼠标拖拉可生成任意长度的键,如将相距较远的两个原子连接在一起。
要将这种不规范的结构式转化为符合化学键理论要求的结构,比如合理的键长和键角,可利用工具栏上的结构清理按钮来实现。选中上面的结构,点击该按钮,结果如下所