复旦研究生-2010-4.ppt

科研信息的时效仅供参考酒吧传闻> 专题报告>会议摘要> 在线预览>最新期刊>过期期刊> 综述文章>专著书籍> 教科书本> 教师讲义刘春明, 2006, 生命世界密苏里植物园主页序列对位排列 Sequence Alignment 通过插入空位/间隔( gap )的方法使不同长度的序列对齐(长度一致) 优化的序列排列应使空位/间隔的数目达到最小, 同时使相似性区域的长度达到最大对序列 X = CGATCAG ( 长度为 7 )和序列 Y = CGTCAG (长度为 6),只需插入一个空位/间隔即可。排列后的两个序列为: X = C G A T C A G Y = C G - T C A G 序列对位排列对上面两个序列 X和Y,增加一个序列: Z = CGGATCAG (长度为 8) 排列后的三个序列为: X = C G - A T C A G Y = C G - - T C A G Z = C G G A T C A G 对位排列类别对位排列类别# #在序列中搜索一系列单个性状或性状模在序列中搜索一系列单个性状或性状模式可以比较两个(成对对位排列)或更式可以比较两个(成对对位排列)或更多(多重对位排列)序列多(多重对位排列)序列# #全局和局部对位排列全局和局部对位排列 A ------------------------- B ( a ) A -------- ---------- B ( b ) 子子序列与对位排列序列与对位排列局部对位排列局部对位排列结构域 A结构域 B 结构域 B 结构域 A 局部和全局排列(Local and global alignment) ?全局对位排列: 对全长序列进行对位排列如 Needleman- Wunsch 算法主要优点是适合较短序列或结构预测?局部对位排列:对序列的局部区域进行对位排列如 Smith-Waterman 算法主要优点是适合数据库查询或寻找结构域序列对位排列方法序列对位排列方法# #点阵分析法点阵分析法# #动态规划法动态规划法# #词或词或 K K串串方法方法点阵方法点阵方法点阵方法提供了一种快速的序列对位排列的可视化方法 GAAT TEGTAGCTAGGTATCGGATG GAATT TEGTAGCTAGGTATCGGATG AGC T X G T GAA T X T TEGTAGCTAGGTATCGGATG AGC T X G T GAA T X T A TEGTAGCTAGGTATCGGATG A X GC T X G T G A X A X T X T A TAGTAGCTAGGTATCGGATG A XX X X X X X G X X X XX XX X C XXX X X T X X X X X X X G X X X XX XX X T X X X X X X X C XXX X X C XXX X X G X X X XX XX X A XX X X X X X A XX X X X X X T X X X X X X X TAGTAGCTAGGTATCGGATG 简单情形: 两条序列间匹配的碱基标记一个 X号即使是对核苷酸序列, 该方法所产生的点阵图也很杂乱