基因组序列的差异分析.docx

基因组序列的差异分析
mVISTA的在线使用说明
当然，除了在线版的，我们还可以在网站上填写信息申请离线的软件。但我试用了一下，需要先自己比对，然后要按照一定的格式来制作文件，当然你还必须得安装java才能运行软件；总之，我感觉没有在线61gene1
106481106497utr
107983108069exon
有一种简单的方法可以从Ensembl基因组浏览器中导出上述格式的注释。以下显示是如何做:
1、在Ensembl浏览器中选择您感兴趣的序列区域
2、点击页面左侧的“Exportinformationaboutregion”;
3、“OutputFormat输出格式”请选择“VISTA格式”；
4、点击“Continue”按钮；
5、点击“Annotationdata”链接；
6、将结果保存为纯文本文件。
我们的web服务器也接受GFF3格式的注释。
NCBI网站上可以下载GFF3格式的文件，如下所示：
rnMown
ASH1
BioPrajKl
Ca-npanart=(Cars)
Oenam?
GlUst
3nlLifJSDSeqxMLTin^Seq:WLFeatureTabieAc-cassionLot
冃Panaxmtnginsangkoldchr&mtHome9,柞加也皐
qPanax(.)
注意：但是我下载后导入mVISTA，结果显示只注释了前面一半的基因，后一半序列没有注释，我也暂时没搞懂，所以，后来就在网上下了一个perl脚本，来自于简书的《mVISTA格式文件：由Perl脚本处理GenBank注释文件而来》，然后把NCBI上下载的参考序列的gb文件转换成了mVISTA格式文件。
重复序列(RepeatMasker的选择)
我们建议掩蔽一个碱基序列以获得更好的比对结果。您可以提交掩码或非掩码序列。如果提交了一个掩码序列，其重复的碱基序列被替换为字母“N”，请在下拉菜单中选择'One-celled/donotmask”选项。我们还接受轻度掩蔽序列，其中重复的元素以小写字母显示，而序列的其余部分以大写字母显示。在这种情况下，你需要在菜单中选择“softmasked”选项。
如果你的序列是非掩码的，我们的服务器将用RepeatMasker来掩盖重复序列。请在菜单中为您的具体序列选择一个特定的掩码。如果你不希望你的序列被掩码，选择“one-celled/donotmask”。
反向互补
选择您想要对第二个序列进行反向互补的比对(如果没有同源性，请尝试这样做)。
监管VISTA(rVISTA)访问RegulatoryVISTA(rVISTA)access
我们的服务器可以预测转录因子结合位点，通过对结果序列运行RegulatoryVISTA(rVISTA)orVISTA的最大尺寸限制是20K。有关此工具的信息，请参阅rVISTA说明。
2、结果
在提交你的序列几分钟后，你将收到来自******@，提供给你一个个人网络链接，从那里你可以访问你的分析结果。
下面是结果页。它列出了您提交的每个生物体，并为您提供了三个查看选项。这三个选项是:文本浏览器(TextBrowser)：提供所有详细信息序列、比对、保守序列统计等;VISTA浏览器(Vis