NCBI上基因序列.docx

一、 NCBI 上下载基因序列、 mRNA 、 CDS 序列的方法 1. 打开 NCBI 网站,第一个框选择 Gene ,第二个框输入基因名称,如 ALK 基因,点击 Search 。 2. 进入第二页面后,会看到如下一系列跟 ALK 基因相关的信息,根据 description 和 location 的信息,找到自己需要的基因。空色框中表示的是物种,我需要的是人类的基因,故选择第一个。点击 ALK, 进入下一个页面。 3. 进入后,会看到以下关于 ALK 基因的详细信息: 这些信息可以略过,往下查看,点击下图红色框中的 See ALK in Genome Data Viewer ,进入下个页面。 4. 进入后会看到如下页面,: 将鼠标箭头放在图中红色框中的绿色线上 2--5 秒,不用点击。会看到下面的界面: (有些基因会出现好几个,根据自己的要求选择) 第一个红色框中: NP 表示蛋白质序列, NP 代表蛋白质, 004295 是编号, 代表更新状态,数值越大,版本越新。 NM 表示 mRNA 序列, NM 表示 mRNA , 004304 是编号, 代表更新状态,数值越大,版本越新。第二个红色框中: 表示 CDS 序列, CCDS 表示 CDS ,命名规则同上。第三个红色框中: NC (29,192,774...29,921,611) 表示完整的基因序列, NC 表示基因组。括号中的数字表示这个基因的碱基长度,从 29,192,774bp 到 29,921,611bp 。要下载蛋白序列、 mRNA 序列、 CDS 序列、基因序列,直接点击红色框中的链接即可。 5. 这里下载基因序列,点击后出现如下界面: 点击右边的 plete record file format (有好几种格式) Create File 。常用的是 FASTA 格式和 GenBank 格式。 GenBank 格式保存的信息更全面。至此就把 ALK 基因的序列下载了。二. 几种代号的意思