16S信息分析报告2-北京奥维森.docx

16srDNA信息分析
(初级)
基本数据处理(使用内部撰写的程序对原始的测序数据进行基本处理)
通过Illumina平台(Miseq)进行Paired-end测序,下机数据经过去除低质量reads(Q20, 90%标准过滤),并trim掉reads2 尾部100bp 低质量序列;每个样品数据产出详细统计结果见下表:
表1-1 reads数据统计:
# Samples
# HQ reads (total)
# HQ reads (mean±SD)
CA
17
110,651
6,509±2,175
HC
19
163,690
8,615±3,081
LK
13
127,416
9,801±2,858
Total
49
401,757
8,199±2,992
注:原来的样本中CA15由于原始Reads数太少(只有23条)而被删除,因此目前的样本总数为49个
去除 barcode 序列,引物序列及 tags过滤
通过COPE软件(Connecting Overlapped Pair-End,),利用重叠关系将双末端测序得到的成对reads组装成一条序列。
利用内部编写程序去除两端barcode 序列,引物序列。
Paired End Reads通过reads之间的overlap (19个碱基)关系拼接成Tags;然后去掉barcode序列,引物序列。为了得到高质量的Tags,将拼接的Tags按照长度过滤,去嵌合体等的处理。(这里等的意思就是按照拼接条件过滤:1, 碱基的ASCII value值低于33的过滤掉。,这19个碱基相互匹配率低于98%的过滤掉。,允许一个错配,错配多于一个的过滤掉。)
表1-2 tags的详细信息
Sample ID
Raw Tag Num
Final Tag num
HC1
17560
17,319
HC2
9672
9,604
HC3
18053
17,826
HC4
12181
12,107
HC5
11558
11,477
HC8
11488
11,404
HC9
16354
16,095
HC10
21584
21,270
HC11
7989
7926
HC12
11561
11,449
HC13
24909
24,660
HC14
22979
22,736
HC15
20747
20,549
HC16
14857
14,728
HC17
21171
21,002
HC18
10700
10,605
HC19
11359
11,247
CA8
16203
16,040
CA10
10925
10,560
CA11
8254
7,690
CA12
9479
9,053
CA14
7947
7,584
CA16
8221
8,093
CA17
10666
10,479
CA18
10787
10,651
CA5
16344
16,154
CA9
6047
5,861
CA13
10290
10,165
2 高级信息分析
OUT及其丰度分析
OUT统计
拼接的Tags经过优化后,()软件将其聚类为用于物种分类的OTU(Operational Taxonomic Units),统计各个样品每个OTU中的丰度信息,OTU的丰度初步说明了样品的物种丰富程度。49个样品共产生3029个OTU,其中Singletons OTU(即丰度为1的OTU)个数为0,Non singletons OTU个数为3029。

SampleName
OTUs
Tags
HC1
541
17,319
HC2
269
9,604
HC3
530
17,826
HC4
215
12,107
HC5
206
11,477
HC8
214
11,404
HC9
455
16,095
HC10
600
21,270
HC12
262
11,449
HC13
294
24,660
CA10
453
10,560
CA11
710
7,690
CA12
650
9,053
CA14
519
7,584
CA16
240
8,093
CA17
330
10,479
CA18
289
10,651
CA5
3