基因组数据注释和功能分析.ppt

基因组数据注释和功能分析
陈启昀 陈辰
丁文超张增明
浙江加州国际纳米技术研究院(ZCNI)
实****一
基因组数据注释和功能分析
实****二
核苷酸序列分析
实****三
芯片的基本数据处理和分析
实****四
蛋白质结构与功能分析
实****五
蛋白质组学数据分析
实****六
系统生物学软件实****br/>课程内容
基因组学
转录物组学
蛋白质组学
系统生物学
通过序列比对工具BLAST学****了解蛋白编码基因的功能注释原理
介绍多序列联配工具ClustalX
分子进化分析软件MEGA4的基本知识,掌握系统发生树绘制的基本方法
课程提纲
序列比对的进化基础
什么是序列比对:
将两个或多个序列按照最佳匹配方式排列在一起。
对应的相同或相似的符号排列在同一列上。
错配与突变相应,空位与插入或缺失对应。
序列比对的目的:
从核酸以及氨基酸的层次去分析序列的相同点和不同点,以推测他们的结构、功能以及进化上的联系
通过判断两个序列之间的相似性来判定两者是否具有同源性
相似性:可以被数量化,如:序列之间相似部分的百分比
同源性:质的判断,两个基因在进化上是否曾有共同祖先的推断
BLAST
基本局部比对搜索工具(Basic Local Alignment Search Tool)
NCBI上BLAST服务的网址:
.gov/blast/
NCBI上BLAST程序的下载:
ftp:///
NCBI的BLAST数据库下载网址:
ftp:///
选择物种
选择blast程序
QuerySequence
AminoacidSequence
DNASequence
tBLASTx
BLASTx
BLASTn
tBLASTn
BLASTp
Nucleotide
Database
Protein
Database
Nucleotide
Database
Nucleotide
Database
Protein
Database
Translated
Translated
Translated
程序名
搜索序列
数据库
内容
备注
blastp
Protein
Protein
比较氨基酸序列与蛋白质数据库
使用取代矩阵寻找较远的关系,进行SEG过滤
blastn
Nucleotide
Nucleotide
比较核酸序列与核酸数据库
寻找较高分值的匹配,对较远的关系不太适用
blastx
Nucleotide
Protein
比较核酸序列理论上的六个读码框的所有转换结果和蛋白质数据库
用于新的DNA序列和ESTs的分析,可转译搜索序列
tblastn
Protein
Nucleotide
比较蛋白质序列和核酸序列数据库,动态转换为六个读码框的结果
用于寻找数据库中没有标注的编码区,可转译数据库序列
tblastx
Nucleotide
Nucleotide
比较核酸序列和核酸序列数据库,经过两次动态转换为六个读码框的结果
转译搜索序列与数据库序列
以Blastx为例:
目标序列为ATG AGT ACC GCT AAA TTA GTT AAA TCA AAA GCG ACC AAT CTG CTT TAT ACC CGC
6个读码框翻译
5’端到3’端
第一位起始:
ATG AGT ACC GCT AAA TTA GTT AAA TCA AAA GCG ACC AAT CTG CTT TAT ACC CGC
第二位起始:
TGA G CTA AAT TAG TTA AAT CAA AAG A ATC TGC TTT C GC
第三位起始:
GAG TAC CGC TAA ATT AGT TAA ATC AAA AGC GAC CAA TCT GCT TTA G C
3’端到5’端
第一位起始:
GCG GGT ATA AAG CAG ATT GGT CGC TTT TGA TTT AAC TAA TTT AGC GGT ACT CAT
第二位起始:
CGG GTA TAA AGC AGA TTG GTC GCT TTT GAT TTA ACT AAT TTA GCG GTA CTC AT
第三位起始:
GGG TAT AAA GCA GAT TGG TCG CTT TTG ATT TAA CTA ATT TAG CGG TAC TCA T