差异表达基因分析5趋势性上调和下调基因分析6基因集功.ppt

转录组(transcriptome)是指特定生物体在某种状态或某一生理条件下,细胞内所有基因转录产物的总和,包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA;狭义上指所有mRNA的集合。
从RNA层次研究基因表达的情况,即为转录组学(transcriptomics),是研究细胞表型和功能的一个重要手段。

转录组是连接基因组遗传信息与生物功能的蛋白质组的纽带,转录水平的调控是最重要也是目前研究最广泛的生物体调控方式。
转录组的研究比基因组的研究能给出更高效的有用信息。
与基因组不同,转录组更有时间空间性。除了异常的mRNA降解现象(如转录衰减)以外,转录组反映的是特定条件下活跃表达的基因
转录组的研究可以提供什么条件下什么基因表达什么信息,从而推断相应未知基因的功能,揭示特定调节基因的作用机制
对转录本的定量可以了解特定基因的活性和表达量,用于疾病的诊断和治疗
通过对转录组的研究,也让个性化医疗的目标,从共性转移到个性,成为可能
DNA芯片技术:只适用于检测已知序列,却无法捕获新的mRNA。杂交技术灵敏度有限,对于低丰度的mRNA,微阵列技术难以检测,也无法捕获到目的基因mRNA表达水平的微小变化。
SAGE(基因表达系列分析):
可以全面了解特定组织或细胞类型中基因群体表达状态,它的显著特点是能够大量获取基因组范围基因表达的类别与丰度,该技术成功地应用于特异组织或细胞的转录组研究和mRNA群体间差异表达基因鉴定。
缺点是需要大量的mRNA
MPSS(多重性平行定序):
对于功能基因组研究非常有效,能在短时间内捕获细胞或组织内全部基因的表达特征;对于鉴定致病基因并揭示该基因在疾病中的作用机制等发挥了重要作用。
可以侦测到极为罕见的基因表现

(1)RNA聚合酶I和III负责种类稀少、功能重要的看家非编码RNA基因的转录,包括rRNA,tRNA,snoRNA,snRNA等。由这两类RNA聚合酶转录的非编码RNA属于看家RNA,在各种生理和病理状态下都被高水平转录,转录产物占细胞内RNA总量的95%以上,不是生命科学研究前沿领域的主要关注对象