pymol基本操作.docx

简介&安装
是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件，由 Warren Lyford
DeLano编写，并且由DeLano Scientific LLC 负责商业发行。
Pymol被用来创作高品质的分子（特别是生物大分子如蛋白质）三维结构。据软 件作者宣称， 在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中， 有四分之一是 使用 Pymol 来制作的。
Pymol名字的来源：“ Py”表示该软件基于python这个计算机语言，“ Mol”贝U 是英文分子（ molucule ）的缩写，表示该软件用来显示分子结构。
由于实验需要， 本人正在学****该软件， 在这里把学****过程记录下来， 希望对有需 要的朋友有所帮助。今天先来说说安装吧。
自2006年8月1日起，DeLanoScientific 对事先编译好的 PyMO执行程序（包 括 beta 版）采取限定下载的措施。目前，只有付费用户可以取得。不过源代码 目前还是可以免费下载，供使用者编译。如果你和我一样，不想为此花钱的话：
如果你是Windows用户，首先下载的源代码。
然后安装CygWin,并且确保正确安装以下模块：
? C++ （gcc or g++ package name）
? Python
? OpenGL
? PNG
然后在源代码目录里面依次运行：
如果你是 Linux 用户，首先确保以下东东已安装：
? Python
? Pmw
? OpenGL driver （我用的是 NVdia）
? libpng
? Subversion client （下载源代码需要）
然后下载的源代码
$ mkdir pymol-src
$ svn co pymol-src 然后进入源代码目录
# cd pymol-src
开始依次编译
# python install
# python install
拷贝执行脚本到某个$PATH安装就搞定了
# cp ./pymol /usr/bin
如果运行时得到错误信息 "ImportError: No module named Pmw" ，那么你 应该运行
# python install pmw
如果你在使用Gentoo,请确保编译python时添加了 tcl/tk 支持，否则 运行是会提示错误 "ImportError: No module named _tkinter"
# USE="tcl tk" emerge python
好了,下面我们就可以进入 Pymol 的世界了。
基本的鼠标操作
里主要介绍一下 Pymol 的基本操作, 包括窗口菜单、 加载文件、 图像的基本鼠标 操作等等。
当你打开 Pymol 后,你将会看到如下图所示的界面：
Hnlp
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Open-Source
PyMOL™
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