pymol 基本操作.doc

简介&安装Pymol就是一个开放源码,由使用者赞助得分子三维结构显示软件,由WarrenLyfordDeLano编写,并且由DeLano ScientificLLC负责商业发行、Pymol被用来创作高品质得分子(特别就是生物大分子如蛋白质)三维结构、据软件作者宣称,在所有正式发表得科学论文中得蛋白质结构图像中,有四分之一就是使用Pymol来制作得。Pymol名字得来源:“Py”表示该软件基于python这个计算机语言,“Mol"则就是英文分子(molucule)得缩写,表示该软件用来显示分子结构。由于实验需要,本人正在学****该软件,在这里把学****过程记录下来,希望对有需要得朋友有所帮助、今天先来说说安装吧。自2006年8月1日起,DeLanoScientific对事先编译好得PyMOL执行程序(包括beta版)采取限定下载得措施。目前,只有付费用户可以取得、不过源代码目前还就是可以免费下载,供使用者编译。如果您与我一样,不想为此花钱得话: 如果您就是Windows用户,首先下载Pymol得源代码。然后安装CygWin,并且确保正确安装以下模块:C++(++packagename)PythonOpenGLPNG然后在源代码目录里面依次运行:如果您就是Linux用户,首先确保以下东东已安装:PythonPmwOpenGLdriver(我用得就是NVdia) libpng Subversionclient(下载源代码需要)然后下载Pymol得源代码$mkdirpymol-src$svncopymol-src然后进入源代码目录#cd pymol-src开始依次编译# pythonsetup、pyinstall#$PATH,安装就搞定了#cp 。/pymol/usr/bin如果运行时得到错误信息"ImportError:No modulenamedPmw”,那么您应该运行# install pmw如果您在使用Gentoo,请确保编译python时添加了tcl/tk支持,否则运行就是会提示错误”ImportError: No modulenamed_tkinter"#USE=”tcltk"emergepython好了,下面我们就可以进入Pymol得世界了、基本得鼠标操作里主要介绍一下Pymol得基本操作,包括窗口菜单、加载文件、图像得基本鼠标操作等等、当您打开Pymol后,您将会瞧到如下图所示得界面:ﻫﻫ该界面分为2窗口,上面得外部GUI窗口(External GUI)与下面得ViewerWindow。Viewer Window又分为左右两块,左边用来显示结构图像得(Viewer),右边则就是一个内部GUI窗口(Internal GUI)。Viewer自身包含一个命令行(如图中左下方得PyMOL〉提示符),可以用来输入Pymol命令;在InernalGUI中则可以选定一些特定得对象并完成一些操作、External GUI则包含一个标准菜单、一个输出区、一个命令行输入区以及右边得一些常用命令按钮。请注意,标准得“复制、剪切与粘贴”操作只能在ExternalGUI中完成,并且必须使用“Ctrl+C、Ctrl+X以及Ctrl+V”来完成,这也就是这个所谓得外部GUI得最重要得优点。加载文件,有二种方法:在ExternalGUI中选择File- Open使用命令行:load〈〉例如我们现在从上下载了一个离子通道蛋白得pdb文件(PENTAMERICLIGAND GATED IONCHANNEL FROMERWINIACHRYSANTHEMI),名字为2vl0。pdb,然后用pymol打开它:load2vl0该蛋白质得结构就被显示出来啦,如下图:ﻫ基本得图像操作:就是不就是觉得上面得那个三维结构图瞧起来乱七八糟得阿,那就是因为蛋白质分子都就是由成千上万个原子组成得,而Pymol打开pdb文件时就是默认把所有得原子都显示在那个小小得Viewer窗口里面得,当然瞧起来就很乱了。这时候就需要我们对这个图像进行一些操作,来得到漂亮得清晰得蛋白质三维结构图。ﻫ先说说鼠标吧。任意旋转图像: 对准图像得任意处点住鼠标左键然后移动鼠标、放大/缩小图像: 对准图像得任意处点住鼠标右键然后移动鼠标:向上就是缩小,向下则就是放大。移动图像:对准图像得任意处点住鼠标中键或者滚轮,然后移动鼠标。设定图像旋转中心:Ctrl+Shift+鼠标中键或滚轮、移动剪切平面:Shift+鼠标右键、鼠标上下移动:调整前剪切平面(离您近得);鼠标左右移动:调整后剪切平面(离您远得)。最后一项“移动剪切平面"有点不容易理解,需要多试几次。配合下面得示意图您会发现Pymol得这项设定其实很方便。ﻫ今天没时间