NCBI简介和序列编号说明.pdf

一： NCBI简介
NCBI的 GenBank与 DDBJ(DNA Data Bank of Japan)、EMBL的 EBI数据库共同组成国际 DNA
数据库，每日都交换更新数据和信息，并主持两个国际年会－国际 DNA数据库咨询会议和国
际 DNA 数据库协作会议，互相交换信息，因此三个库的数据实际上是相同的。
GenBank 有来自于 70,000 多种生物的核苷酸序列。 每条纪录都有编码区 （CDS）特征的注
释，还包括氨基酸的翻译。（是美国国家生物技术信息中心 (National Center for Biotechnology Information ，NCBI)建立的 DNA 序列数据
库，从公共资源中获取序列数据，主要是科研人员直接提供或来源于大规模基因组测序计划 ( Benson等， 1998)。Entrez 是美国国家生物技术信息中
心所提供的在线资源检索器。该资源将 GenBank 序列与其原始文献出处链接在一起。 Entrez 是由 NCBI主持的一个数据库检索系统 。它包括核酸，蛋
白以及 Medline 文摘数据库，在这三个数据库中建立了非常完善的联系。因此，可以从一个 DNA 序列查询到蛋白产物以及相关文献，而且，每个条目
均有一个类邻（ neighboring ）信息，给出与查询条目接近的信息。 ）
DDBJ主要向研究者收集 DNA 序列信息并赋予其数据存取号，信息来源主要是日本的研究
机构，亦接受其他国家呈递的序列。
EBI的主要任务：⑴为科学界建立和维护生物学数据库， 提供免费的数据和生物信息服务，
支持生物学数据的存储和挖掘， 促进科技进步； ⑵通过生物信息学的基础研究继续推动生物学
发展；⑶为各个层次的科学工作者提供生物信息学培训； ⑷支持帮助边缘尖端科技成果向工业
界的转化；⑸协调欧洲生物数据的提供。
RefSeq是 NCBI数据库的参考序列。 RefSeq资料库是 NCBI将 GenBank的序列再做详细整
理的 non-redundent 序列资料库，它的序列格式和 GenBank几乎完全相同，但因为是完全不同
的独立资料库 ,为与 GenBank区别， RefSeq的 Accession Number格式和 GenBank不同。
二：常用序列编号
一般来说，mRNA 和基因组序列是我们主要的寻找对象。 如果想找标准序列的话， mRNA 用 NM_ 开头的，
基因组用 NC_或者 AC_开头的。
1. mRNA
N