pymol 基本操作.doc

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简介&安装
Pymol是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件，由Warren Lyford DeLano编写，并且由DeLano Scientific LLC负责商业发行。
住鼠标左键然后移动鼠标。
放大/缩小图像： 对准图像的任意处点住鼠标右键然后移动鼠标：向上是缩小，向下如此是放大。
移动图像： 对准图像的任意处点住鼠标中键或者滚轮，然后移动鼠标。
设定图像旋转中心： Ctrl＋Shift＋鼠标中键或滚轮。
移动剪切平面： Shift＋鼠标右键。鼠标上下移动：调整前剪切平面〔离你近的〕；鼠标左右移动：调整后剪切平面〔离你远的〕。
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最后一项“移动剪切平面〞有点不容易理解，需要多试几次。配合下面的示意图你会发现Pymol的这项设定其实很方便。
今天没时间了，明天还要出远门，就学到这里吧，用下面这个图作为完毕，其实就是用cartoon的形式显示了上面的那个蛋白质，不过还比拟难看。。。
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By wei lu
PyMOL用法〔教程二〕
根底Pymol命令
这里主要介绍一下Pymol的一些根本命令操作。就像Linux一样，要想更好的操作Pymol，掌握一些常用的命令是必不可少的。 Pymol是区分大小写的，不过目前为止Pymol还是只用小写，所以记住，所有的命令都是使用小写字母的。
当你开始用Pymol来完成一个项目时，你也许想会让Pymol自动保存你所有输入过的命令，以方便日后你再次读取并修改。这个可以通过创建一个log文件来达到，，记住，Pymol像Linux一样支持Tab键命令补全：
Pymol> log_open
如果你想终止记录，只需要键入：
Pymol> log_close
好了，现在载入pdb文件〔继续前用的pdb文件〕：
现在Pymol就创建了一个叫2vlo的对象，你可以在部GUI窗口里面看见这个项目的名字。但是你也可以自己定义该项目的名字〔如test〕：
Pymol> load , test
下面说说如何来操作你新建的对象。
首先：
Pymol> show representation
Pymol> hide representation
其中representation可以为：cartoon, ribbon, dots, spheres, surface和mesh。
使用这2个命令可以让Pymol以不同的方式显示蛋白质结构。
例如当我们键入：
Pymol> hide lines
Pymol> show ribbon
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我们将得到如下结果：
也许你已经注意到结构中有2个一模一样的蛋白质分子，只是方向不同而已，那么如何让Pymol只显示当中的一个分子呢？首先输入如下命令：
Pymol> label all, chains
这个命令的作用是让Pymol给蛋白质结构中的“链〞编号，你会发现，第一个分子由“链〞A－E组成，第二个如此由F－J组成。
好了，如果我们想把一个蛋白质分子去掉，那么只要把“链〞A－E或者F－J去掉即可：
Pymol> hide ribbon, chain f+g+h+i+j
上面的东东还可以这样完成：
Pymol> select test, chain f+g+h+i+j
Pymol> hide ribbon, test
上面的第一句命令的作用是选择“链〞F－J，并命名为test，然后在第二句命令中隐藏它。这样做的好处是，一旦你选择并命名了某个目标，你可以在后面随时对它进展各种操作。并且你在右边的控制面板里面也可以看到你选定的目标，并可以对其进展操作。
比如你可以：
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Pymol> hide everything, test
Pymol> show cartoon, test
这样你会得到：
　说到这里就提到了Pymol的一个比拟重要的东东，就是选择并命名目标，它的根本语法就是：
Pymol> select selection-name, selection-expression
其中名字可以由字母[A/a－Z/z]，数字[0－9]已经下划线[_]组成，但是要防止使用：
! # $ % ^ & * ( ) ' " [ ] { } \ | ~ ` < > ? /
如果你要删除你选定的目标或者整个对象，你可以：
Pymol> delete selection-name
Pym