pymol基本操作.pdf

: .
简介&安装
GUI 的最重
要的优点。
加载文件，有二种方法：
1. 在 External GUI 中选择 File － Open
2. 使用命令行：
load <filename>
pdb 文件（PENTAMERIC LIGAND GATED ION CHANNEL FROM ERWINIA CHRYSANTHEMI），
名字为 ，然后用 pymol 打开它：
load 2vl0该蛋白质的结构就被显示出来啦，如下图：
基本的图像操作:
是不是觉得上面的那个三维结构图看起来乱七八糟的阿，那是因为蛋白质分子都
是由成千上万个原子组成的，而 Pymol 打开 pdb 文件时是默认把所有的原子都显
示在那个小小的 Viewer 窗口里面的，当然看起来就很乱了。这时候就需要我们
对这个图像进行一些操作，来得到漂亮的清晰的蛋白质三维结构图。
先说说鼠标吧。
• 任意旋转图像： 对准图像的任意处点住鼠标左键然后移动鼠标。
• 放大/缩小图像： 对准图像的任意处点住鼠标右键然后移动鼠标：向上是
缩小，向下则是放大。
• 移动图像： 对准图像的任意处点住鼠标中键或者滚轮，然后移动鼠标。
• 设定图像旋转中心： Ctrl＋Shift＋鼠标中键或滚轮。
• 移动剪切平面： Shift＋鼠标右键。鼠标上下移动：调整前剪切平面（离
你近的）；鼠标左右移动：调整后剪切平面（离你远的）。
最后一项“移动剪切平面”有点不容易理解，需要多试几次。配合下面的示意图
你会发现 Pymol 的这项设定其实很方便。今天没时间了，明天还要出远门，就学到这里吧，用下面这个图作为结束，其实
就是用 cartoon 的形式显示了上面的那个蛋白质，不过还比较难看。。。
By wei luPyMOL 用法（教程二）
基础 Pymol 命令
这里主要介绍一下 Pymol 的一些基本命令操作。就像 Linux 一样，要想更好的操
作 Pymol，掌握一些常用的命令是必不可少的。 Pymol 是区分大小写的，不过目
前为止 Pymol 还是只用小写，所以记住，所有的命令都是使用小写字母的。
当你开始用 Pymol 来完成一个项目时，你也许想会让 Pymol 自动保存你所有输入
过的命令，以方便日后你再次读取并修改。这个可以通过创建一个 log 文件来达
到，，记住，Pymol 像 Linux 一样支持 Tab 键命令补全：
Pymol> log_open log-file-
如果你想终止记录，只需要键入：
Pymol> log_close
好了，现在载入 pdb 文件（继续前用的 pdb 文件）：
Pymol> load
现在 Pymol 就创建了一个叫 2vlo 的对象，你可以在内部 GUI 窗口里面看见这个
项目的名字。但是你也可以自己定义该项目的名字（如 test）：
Pymol> load , test
下面说说如何来操作你新建的对象。
首先：
Pymol> show representation
Pymol> hide representation
其中 representation可以为：cartoon, ribbon, dots, spheres, surface 和
mesh。
使用这 2 个命令可以让 Pymol 以不同的方式显示蛋白质结构。
例如当我们键入：
Pymol> hide lines
Pymol> show ribbon
我们将得到如下结果：也许你已经注意到结构中有 2 个一模一样的蛋白质分子，只是方向不同而已，那
么如何让 Pymol 只显示当中的一个分子呢首先输入如下命令：
Pymol> label all, chains